ECLI:NL:RBNNE:2026:3457

RECHTBANK NOORD-NEDERLAND


Zittingsplaats Groningen



Bestuursrecht



zaaknummers: LEE 24/2990 en 24/2991


uitspraak van de enkelvoudige kamer van 6 augustus 2026 in de zaken tussen
Stichting Natuurbeschermingswacht, uit Meppel, eiseres
(gemachtigde: G.W. Starre),


en


het college van burgemeester en wethouders van de gemeente Meppel, het college
(gemachtigden: mr. G. Siebel en A. Schra).


Als derde-partijen nemen aan de zaken deel:




[derde 1] uit [plaats 1]



[derde 2] uit [plaats 2] ,



gezamenlijk te noemen: vergunninghouders
(gemachtigde: I.L.M. de Grefte).



Samenvatting


1. Deze uitspraak gaat over twee omgevingsvergunningen voor mono-mestvergisters. Eiseres is het niet eens met de verleende vergunningen. Aan de hand van de beroepsgronden beoordeelt de rechtbank het bestreden besluit.



1.1.
De rechtbank komt in deze uitspraak tot het oordeel dat het college onvoldoende onderzoek heeft gedaan naar mogelijke significante gevolgen van de mestvergisters voor Natura 2000-gebieden. Om die reden is het besluit onvoldoende gemotiveerd. Eiseres krijgt dus gelijk en het beroep is gegrond. Hierna legt de rechtbank uit hoe zij tot dit oordeel komt en welke gevolgen dit oordeel heeft.





Procesverloop


2. Het college heeft bij afzonderlijke besluiten omgevingsvergunningen verleend voor twee mono-mestvergisters (hierna ook: mestvergisters). Met de bestreden besluiten van 29 mei 2024 op het bezwaar van eiseres is het college bij de besluiten tot vergunningverlening gebleven.



2.1.
Eiseres heeft beroep ingesteld tegen het bestreden besluit.



2.2.
De rechtbank heeft de zaak verwezen naar een meervoudige kamer.



2.3.
De rechtbank heeft de Stichting Advisering Bestuursrechtspraak (STAB) gevraagd onderzoek in te stellen en daarvan schriftelijk verslag te doen. De STAB heeft op 28 november 2025 in beide beroepzaken afzonderlijk verslag uitgebracht. Partijen hebben daarop reacties ingediend. In een notitie van 4 maart 2026 is de STAB ingegaan op die reacties en heeft de STAB geconcludeerd dat die reacties geen aanleiding geven de conclusies van het oorspronkelijke verslag aan te passen.



2.4.
De meervoudige kamer van de rechtbank heeft de beroepen op 10 juni 2026 op zitting behandeld, gelijktijdig met het beroep met zaaknummer LEE 24/1837. Hieraan hebben deelgenomen: de gemachtigde van eiseres, de gemachtigden van het college en de gemachtigde van vergunninghouders. Namens het college van burgemeester en wethouders van de gemeente Ooststellingwerf (verweerder in de zaak met zaaknummer LEE 24/1837) waren mr. M. Brinks, mr. C.R. Post en P. Rietsema aanwezig.




Beoordeling door de rechtbank



Bestreden besluit


3. Door het college is op verschillende datums besloten tot het verlenen van een omgevingsvergunning voor het oprichten van mono-mestvergisters op de volgende locaties:



[adres 1] te [plaats 1] (verleend op 8 september 2023)



[adres 2] te [plaats 2] (verleend op 18 september 2023)




3.1.
Tegen deze besluiten is door eiseres bezwaar gemaakt. Op 11 maart 2024 heeft de onafhankelijke bezwarencommissie aan het college geadviseerd om het bezwaarschrift ten aanzien van beide besluiten ongegrond te verklaren.



3.2.
In twee afzonderlijke besluiten van 29 mei 2024 (de bestreden besluiten) laat het college de eerder verleende vergunningen in stand, onder verwijzing naar het advies van de bezwarencommissie.



Toetsingskader

4. De wettelijke regels en beleidsregels die van belang zijn voor deze zaak, staan in de bijlage bij deze uitspraak.




4.1.
Op 1 januari 2024 is de Omgevingswet (Ow) in werking getreden. Bij de invoering van deze wet is een aantal andere wetten gewijzigd. Omdat de aanvraag is ingediend voor de inwerkingtreding van de Ow is op grond van het overgangsrecht in artikel 4.3 van de Invoeringswet Omgevingswet, in deze procedure het oude recht van toepassing, waaronder de Wet algemene bepalingen omgevingsrecht (Wabo), het Besluit omgevingsrecht (Bor) en de Wet natuurbescherming (Wnb).



Is voor het project een Wnb-vergunning vereist?

5. Eiseres voert aan dat niet kan worden uitgesloten dat de mestvergisters significante gevolgen hebben voor Natura 2000-gebieden. Vergunningverlening is daarom in strijd met de Habitatrichtlijn (Hrl). Volgens eiseres is sprake van wijziging van het project veehouderij. Bij de beoordeling van de gevolgen moet volgens haar de hele keten worden beoordeeld. Volgens eiseres leidt het project tot een toename van stikstofemissies. Ook is sprake van emissies van onder meer zwavelverbindingen, die kunnen leiden tot verzuring van habitats in Natura 2000-gebieden. Verder wijst eiseres erop dat verweerder meerdere projecten in samenhang had moeten beoordelen en dat niet heeft gedaan.




5.1.
De rechtbank begrijpt het standpunt van eiseres zo, dat zij zich beroept op de zogeheten ‘aanhaakplicht’. De Hrl is in Nederland geïmplementeerd in de Wnb. Op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb geldt een vergunningplicht voor projecten die afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kunnen hebben voor een Natura 2000-gebied. Voor de vergunde mestvergisters is geen Wnb-vergunning aangevraagd of verleend. In zo’n geval moet bij de beoordeling van een aanvraag om een omgevingsvergunning in een zogenaamde ‘voortoets’ worden beoordeeld of significante gevolgen voor Natura 2000-gebieden kunnen worden uitgesloten. Zijn significante gevolgen niet uit te sluiten, dan moet het college de Wnb-vergunning ‘aanhaken’ bij de omgevingsvergunning en het college van gedeputeerde staten om een verklaring van geen bedenkingen vragen, alvorens de vergunningen te verlenen. Dat volgt uit artikel 2.7, eerste lid van de Wabo, in samenhang met artikel 2.2aa van het Bor en artikel 6.10a van het Bor.



5.2.
Het college stelt zich in de bestreden besluiten op het standpunt dat uit de geactualiseerde Aerius-berekening blijkt dat het project geen significante negatieve effecten heeft. Hierdoor is geen sprake van een aanhaakverplichting.



5.3.
De beroepsgrond slaagt. De rechtbank oordeelt dat het college onvoldoende heeft onderzocht of significante gevolgen voor een Natura 2000-gebied als gevolg van de vergunde projecten kunnen worden uitgesloten. De rechtbank licht dit toe in de rechtsoverwegingen 5.4 en 5.5. Omdat onvoldoende onderzoek is gedaan naar de gevolgen voor Natura 2000-gebieden, is onvoldoende gemotiveerd dat geen sprake was van een vergunningplicht op grond van de Wnb, en daarmee is ook onvoldoende gemotiveerd dat geen aanhaakplicht gold.



Welk project moet worden beoordeeld door het college?





5.4.
De rechtbank ziet zich eerst voor de vraag gesteld welke activiteiten behoren tot het project in de zin van artikel 2.7, tweede lid van de Wnb, gelet op de aanvragen van de omgevingsvergunningen. Alleen die activiteiten hoefden in de voortoets te worden betrokken.


5.4.1.
In de aanvragen is de beoogde situatie als volgt. De rechtbank onderscheidt daarbij drie fasen.


Voorfase



In de stallen van het bedrijf wordt mest geproduceerd.


Drijfmest wordt vanuit de mestkelder, mestsilo of afstortput behorend bij de stallen met een pomp via een ondergrondse leiding in de vergister gebracht.


De mogelijkheid bestaat om vaste mest en/of mest afkomstig van andere bedrijven in de vergister te brengen.


Hoofdfase


De mest blijft gedurende 30-40 dagen in de vergister. Daarin wordt de mest verwarmd en geroerd. Daarbij wordt gebruikgemaakt van een warmtepomp die wordt geplaatst op de naastgelegen container.


Door vergisting wordt uit de organische stof in mest biogas geproduceerd. De vergistingstank heeft een flexibel gasdicht bufferdak. Het biogas wordt daarin opgevangen en chemisch gereinigd met een zogenaamd zwavelnet. Als teveel biogas ontstaat, dan kan een op de container geplaatste noodfakkel-installatie het overtollige gas affakkelen. Ook is de vergistingstank voorzien van een overdrukventiel, waarmee bij eventuele calamiteiten biogas uit de vergister wordt afgevoerd naar buiten.


Het biogas gaat via een leiding naar de container, waarin het gas door een actief koolfilter wordt geleid om het verder te ontzwavelen. Het actieve kool wordt opgeslagen in de container.


Nafase


Het digestaat gaat eerst gedurende 28 dagen in een luchtdichte na-opslag.


Vrijkomend biogas in de na-opslag wordt teruggevoerd naar de vergister.


Vanuit de na-opslag wordt het digestaat vergelijkbaar behandeld als reguliere mest. Het digestaat kan worden afgevoerd en/of opgeslagen, en het kan worden uitgereden op eigen grond of elders.


Het gefilterde biogas wordt door middel van een biogasleiding met een blower getransporteerd naar een opwerkstation dat zich bevindt op een andere locatie. Daar het wordt opgewaardeerd tot groen gas, en daarna ingevoerd in het gasnet.





5.4.2.
De rechtbank stelt vast dat (de aanvragen voor) de omgevingsvergunningen elk betrekking hebben op het bouwen van een mestvergister en een daarnaast geplaatste container waarin zich technische installaties bevinden. In verband met de hoogte van de mestvergister ziet de vergunning ook op het toestaan van afwijking van de bouwhoogte in het bestemmingsplan. De verleende vergunning ziet daarmee op de activiteiten in de hoofdfase. Verder is er een omgevingsvergunning beperkte milieutoets (OBM) aangevraagd en verleend. De OBM ziet kort gezegd op de externe veiligheid van het proces en heeft ook uitsluitend betrekking op de activiteiten in de hoofdfase.



5.4.3.
Niet in geschil is dat, gelet op de aanhaakplicht, in een voortoets moet worden beoordeeld of de activiteiten in de hoofdfase significante gevolgen kunnen hebben voor een Natura 2000-gebied.



5.4.4.
Echter, wanneer activiteiten in de voorfase en de nafase één project vormen (in de zin van de Wnb) met de activiteiten in de hoofdfase, dan moeten ook die activiteiten bij de beoordeling worden betrokken. Dat volgt uit vaste rechtspraak van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (de Afdeling). Volgens de Afdeling moet een aanvraag voor een natuurvergunning betrekking hebben op alle activiteiten die samen één project vormen. Op die wijze is gewaarborgd dat de gevolgen van het gehele project voor het Natura 2000-gebied bij de beoordeling van een vergunning worden betrokken. De Afdeling leidt dit af uit rechtspraak van het Hof van Justitie, waarin meermalen is geoordeeld dat een passende beoordeling betrekking heeft op alle aspecten van een plan of project. Het opknippen van een project is dan ook in strijd met artikel 6, derde lid, van de Hrl.



5.4.5.
De vraag of bepaalde activiteiten samen één project vormen of afzonderlijke projecten zijn, is afhankelijk van de feiten en omstandigheden in het concrete geval. Ook dat is vaste rechtspraak. Van belang daarbij is onder meer of de activiteiten naar aard, tijd en ruimte van elkaar te onderscheiden zijn, of er sprake is van een onlosmakelijke samenhang en of de ene activiteit een noodzakelijke voorwaarde is om de andere activiteit te kunnen uitvoeren.



5.4.6.
Ten aanzien van de voorfase oordeelt de rechtbank dat het produceren van mest in stallen en eventuele stalaanpassingen niet één project vormen met het gebruik van de mestvergister. Uit het STAB-verslag blijkt dat bij het invoeren van mest van belang is dat het gebruik van zo vers mogelijke mest de hoogste productie van biogas oplevert. Het gebruik van mest uit nabijgelegen (eigen) stallen is daarom bedrijfseconomisch wenselijk. De STAB stelt echter in haar verslag ook dat het voor het functioneren van de mestvergister niet noodzakelijk is dat de mest afkomstig is uit de eigen stallen. De aangevraagde installaties zijn ook geschikt voor de invoer van mest van derden. Er is daarom naar het oordeel van de rechtbank geen sprake van onlosmakelijke samenhang tussen de activiteiten en ook is het produceren van mest in eigen stallen geen noodzakelijke voorwaarde voor het gebruik van de mestvergister. Verder zijn de activiteiten naar aard, tijd en ruimte van elkaar te onderscheiden.



5.4.7.
De rechtbank vindt voor het oordeel dat de productie van mest in stallen en eventuele stalaanpassingen niet één project vormen met het gebruik van de mestvergister ook steun in een uitspraak over bemesten. Daarin oordeelt de Afdeling kort gezegd dat het op of in de bodem brengen van mest niet één project vormt met het houden van dieren in stallen. Het uitrijden van mest op eigen grond is niet noodzakelijk voor de afvoer van mest van een agrarisch bedrijf, omdat er alternatieven zijn. Ook voor het invoeren van de mest in de vergister geldt dat dit één van de mogelijkheden is voor het afvoeren van mest die in de stallen wordt geproduceerd, naast het uitrijden van mest op eigen grond of het afvoeren van de mest voor verwerking op een andere locatie.



5.4.8.
Met betrekking tot de voorfase stelt de rechtbank verder vast dat de toevoer van mest naar de vergister een noodzakelijke voorwaarde is voor de productie van biogas in de mestvergister. Om die reden vormt de toevoer van mest naar het oordeel van de rechtbank één project met het gebruik van de mestvergister.



5.4.9.
Met betrekking tot de nafase oordeelt de rechtbank dat de na-opslag van het digestaat wel één project vormt met het gebruik van de mestvergister. Hierover is ter zitting verklaard dat het technisch noodzakelijk is dat de na-opslag plaatsvindt in de nabijheid van de vergister, onder meer omdat het biogas dat in de na-opslag nog vrijkomt, wordt teruggevoerd naar de vergister. In het STAB-verslag staat bovendien dat het digestaat gedurende 28 dagen wordt opgeslagen en pas vervoerd mag worden als het niet langer biologisch actief is. Dat houdt verband met explosiegevaar. De rechtbank stelt vast dat daarmee sprake is van een onlosmakelijke samenhang op de locatie tussen het gebruik van de mestvergister en de na-opslag.



5.4.10.
Als het digestaat de na-opslag verlaat is de behandeling daarvan vergelijkbaar met de behandeling van reguliere mest. Het kan worden opgeslagen en/of uitgereden op het eigen land, dan wel worden afgevoerd. De STAB bevestigt dit in haar verslag. Analoog aan het ontbreken van samenhang tussen de productie van mest in de stallen en de opslag en aanwending van mest in de eerder genoemde uitspraak over bemesting, acht de rechtbank de na-opslag van digestaat niet onlosmakelijk verbonden met de opslag en/of aanwending van het digestaat daarna. Ook is er geen aanleiding om aan te nemen dat de opslag of aanwending van digestaat één project vormt met activiteiten in de hoofdfase.



5.4.11.
De rechtbank oordeelt verder dat het transport van het biogas naar het opwerkstation en het opwaarderen van het biogas niet één project vormt met de productie van biogas in de vergister. Uit het STAB-verslag blijkt dat het biogas ook zonder verdere opwaardering ter plaatse gebruikt kan worden voor de productie van elektriciteit via een warmtekrachtkoppeling-installatie. Ook voor het biogas geldt derhalve dat er alternatieven zijn en is om die reden geen sprake van onlosmakelijke samenhang tussen het project waarop de omgevingsvergunning betrekking heeft en het transport en het opwaarderen van het biogas, of dat anderszins sprake is van één project.



5.4.12.
Gelet op het bovenstaande, concludeert de rechtbank dat in de voortoets niet alleen moet worden beoordeeld of de bouw van de mestvergister en de activiteiten in de hoofdfase significante effecten kunnen hebben voor een Natura 2000-gebied, maar dat ook de effecten moeten worden beoordeeld van de toevoer van de mest naar de vergister en van de na-opslag van het digestaat.



Zijn significante gevolgen voor Natura 2000-gebieden uitgesloten?






5.5.
Vervolgens beoordeelt de rechtbank of het college in de voortoets op juiste gronden tot de conclusie is gekomen dat significante gevolgen voor een Natura 2000-gebied zijn uitgesloten en dat er dus geen sprake is van een aanhaakplicht.


5.5.1.
Uit rechtspraak volgt dat in een voortoets in beginsel moet worden uitgegaan van de maximale capaciteit van de vergunde installaties. Bovendien moeten alle gevolgen van het project worden beoordeeld, inclusief bijvoorbeeld verkeersbewegingen die inherent zijn aan de exploitatie. Omdat de voortoets erop is gericht om zekerheid te krijgen over mogelijk significante gevolgen, moet worden uitgegaan van het worst case scenario. Effecten van calamiteiten, die geen deel uitmaken van de aangevraagde activiteiten en naar alle waarschijnlijkheid nooit of zeer zelden zullen plaatsvinden, hoeven echter niet te worden betrokken.



5.5.2.
De rechtbank baseert haar oordeel op de bevindingen in het STAB-verslag. Het college en de derde-partijen hebben die bevindingen niet betwist. Door eiseres is bij het STAB-verslag een groot aantal opmerkingen gemaakt. Vaste rechtspraak is evenwel dat de bestuursrechter in beginsel mag afgaan op de inhoud van het deskundigenverslag. Dat is slechts anders indien dat verslag onvoldoende zorgvuldig tot stand is gekomen of anderszins zodanige gebreken bevat, dat het niet aan de oordeelsvorming ten grondslag mag worden gelegd. Daarvan is niet gebleken. Daarbij betrekt de rechtbank dat door eiseres geen contra-expert is ingeschakeld en dat de STAB in een nadere notitie heeft toegelicht en onderbouwd dat de opmerkingen van eiseres op de STAB-verslagen van 28 november 2025 niet leiden tot andere conclusies.



5.5.3.
Eiseres heeft geen gronden aangevoerd met betrekking tot de bouw van de mestvergisters. Voor zover het daarbij de gevolgen van stikstofemissies betreft, blijkt uit de Aerius-berekening die bij de bestreden besluiten is gevoegd dat geen sprake is van toename van depositie op Natura 2000-gebieden. Bovendien is in het STAB-verslag bevestigd dat de stikstofbronnen op de juiste wijze zijn ingevoerd in de Aerius-berekening. Het college kon daarom significante gevolgen als gevolg van de bouwfase uitsluiten.



5.5.4.

De toevoer van mest uit de stallen wordt gerealiseerd door het plaatsen van een pomp in de mestkelder, waarmee de mest via een buisleiding naar de vergister wordt gepompt. Uit het STAB-verslag blijkt dat daarbij geen emissies vrijkomen. Daardoor zijn significante effecten als gevolg van de aanvoer van mest uit de eigen stallen uitgesloten.
Bij de aanvoer van mest van andere bedrijven wordt de mest vanuit een tankwagen op vergelijkbare wijze in de vergister gebracht. Indien mest van andere bedrijven zou worden vergist moet echter ook rekening worden gehouden met vervoersbewegingen. Eventuele emissies als gevolg van de verkeersbewegingen zijn niet meegenomen in de Aerius-berekening die is overgelegd bij de aanvragen. Omdat het ontwerp van het project expliciet de mogelijkheid openlaat dat mest van andere bedrijven wordt aangevoerd is de beoordeling van de gevolgen niet volledig geweest.




5.5.5.
Met betrekking tot de productie van biogas in de vergister overweegt de rechtbank als volgt.


Eiseres heeft gewezen op mogelijk diffuse emissies van gassen door het bufferdak van de vergister heen. In het STAB-verslag is becijferd dat emissies als gevolg van de doorlaatbaarheid van het bufferdak in alle gevallen verwaarloosbaar zijn. Significante effecten konden worden uitgesloten.


Wat betreft stikstofbronnen in de gebruiksfase constateert de STAB dat de extra verkeersemissies in verband met onderhoud van de installatie ontbreken in de Aerius-berekening.


Eiseres heeft verder gewezen op mogelijke emissies als gevolg van overdrukvoorzieningen.


Ten aanzien van de fakkel blijkt uit het STAB-verslag dat emissie in de gebruiksfase wel is meegenomen in de Aerius-berekening, maar dat de omvang daarvan is onderschat. Ook zijn de uittreedhoogte en warmte-inhoud niet juist ingevoerd in Aerius. Dit is door de derde-partijen en het college ter zitting erkend. De STAB heeft een eigen berekening uitgevoerd. De STAB is er daarbij van uitgegaan dat de fakkel vier keer per jaar wordt gebruikt. Ter zitting is van de zijde van de derde-partijen opgemerkt dat dit het worst case scenario is. De rechtbank acht dit gelet op rechtsoverweging 5.5.1. een juist uitgangspunt voor de beoordeling van de effecten.


Naast emissies van stikstof kunnen als gevolg van het gebruik van de fakkel emissies optreden van zwaveldioxide. De effecten daarvan zijn niet beoordeeld.

Ter zitting is gebleken dat het overdrukventiel een secundaire voorziening is, voor het geval er overdruk ontstaat in de vergister en de fakkel niet werkt. Via het overdrukventiel ontsnapt dan biogas uit de vergister naar buiten. Deze emissie is niet in de beoordeling betrokken.
De STAB stelt in haar verslag vast dat andere emissies dan stikstof en zwaveldioxide – te weten methaan, lachgas en koolstofdioxide – geen significante gevolgen hebben voor Natura 2000-gebieden.
Het reinigen van het biogas in de vergister en het filteren daarvan leidt volgens de STAB niet tot relevante emissies.




5.5.6.
Uit het STAB-verslag blijkt verder dat vanuit de na-opslag geen relevante emissies plaatsvinden. Het transport van het digestaat van de vergister naar de na-opslag vindt plaats met behulp van een elektrische pomp en een gesloten mestleiding. Voor de na-opslag gelden wat betreft gasdichtheid dezelfde eisen als voor de mestvergister. De na-opslag kent geen eigen overdrukvoorziening. Het transport van het digestaat vanuit de na-opslag vindt eveneens plaats via gesloten leidingen.



5.5.7.

Gelet op het bovenstaande oordeelt de rechtbank dat significante gevolgen van het gebruik van de mestvergisters door het college onvoldoende zijn onderzocht (zie rechtsoverweging 5.3). Dit betreft in ieder geval emissies van stikstof en/of zwavelverbindingen als gevolg van verkeersbewegingen, het overdrukventiel en de fakkel. Om die reden zijn de bestreden besluiten ook niet deugdelijk gemotiveerd.

Overwegingen van de rechtbank ten aanzien van overige stellingen






5.6.
Gelet op het voorgaande oordeel, zal de rechtbank de beroepen gegrond verklaren en de bestreden besluiten op bezwaar vernietigen. Bespreking van overige argumenten van partijen ten aanzien van de voortoets kan daarom achterwege blijven. Niettemin gaat de rechtbank in het belang van finale geschilbeslechting op een aantal stellingen van partijen nader in.


5.6.1.

Door eiseres is aangevoerd dat in de voortoets rekening moet worden gehouden met veroudering en slijtage van de installatie, die mogelijk leiden tot hogere emissies, met name doordat de gasdichtheid van het dak van de vergister en de na-opslag na verloop van tijd slechter wordt.
Dit betoog slaagt niet. In het STAB-verslag is uitgegaan van de wettelijke eisen die gelden voor de installatie in het Besluit activiteiten leefomgeving. Als de installatie daar niet (meer) aan voldoet, is dat een kwestie van handhaving. Dit hoeft naar het oordeel van de rechtbank niet te worden betrokken bij de voortoets. De rechtbank legt daarbij een parallel met rechtspraak van de Afdeling over luchtwassers in stallen, die niet zouden voldoen aan de productbeschrijving waarmee rekening was gehouden in de voortoets.




5.6.2.

Door eiseres is verder betoogd dat de mestvergisters ten onrechte afzonderlijk zijn beoordeeld. Gelet op artikel 6, derde lid, van de Hrl moeten de gevolgen van een project te worden beoordeeld in combinatie met andere plannen of projecten.
Dit betoog slaagt. Uit rechtspraak van de Afdeling volgt dat bij de boordeling van de gevolgen van een project rekening moet worden gehouden met cumulatie met de gevolgen van plannen en projecten die al wel zijn vergund, maar nog niet worden uitgevoerd. Dat betekent naar het oordeel van de rechtbank in ieder geval dat bij de als laatste verleende vergunning rekening moest worden gehouden met emissies als gevolg van de mestvergister waarvoor eerder vergunning werd verleend.




5.6.3.

Door eiseres is aangevoerd dat de opslag en aanwending van digestaat leiden tot toename van ammoniakemissies. In het STAB-verslag staat hierover vermeld dat indien na de na-opslag gedurende een half jaar digestaat wordt opgeslagen in de bestaande mestsilo, de ammoniakemissie een factor 1,67 hoger dan de emissie door mestopslag. Over emissies bij de aanwending van digestaat in vergelijking met mest is de literatuur volgens de STAB niet eenduidig. Hieruit kan worden afgeleid dat significante gevolgen als gevolg van de opslag en aanwending van digestaat in vergelijking met drijfmest niet zijn uitgesloten.
In het kader van deze uitspraak is deze bevinding echter niet relevant. De opslag en aanwending van digestaat maakt geen deel uit van het project dat in de voortoets moest worden beoordeeld, zoals onder 5.4.10 overwogen.




5.6.4.
Door het college en vergunninghouders is erop gewezen dat het gebruik van de mestvergister leidt tot vermindering van emissies van methaan en ammoniak uit de stallen. Dit wordt bevestigd in het STAB-verslag. Volgens het college en vergunninghouders leidt het gebruik van een mestvergister daarom per saldo tot vermindering van schadelijke depositie op Natura 2000-gebieden. Dit betoog slaagt echter niet. In haar uitspraak van 18 december 2024 heeft de Afdeling de jurisprudentie met betrekking tot intern salderen gewijzigd. Bij intern salderen worden de gevolgen door een toename van stikstofemissies als gevolg van de aangevraagde activiteit gemitigeerd door een afname van stikstofemissies op dezelfde locatie. Uit de uitspraak volgt echter dat in een voortoets alleen rekening mag worden gehouden met zogenaamde standaardonderdelen in het ontwerp van het te beoordelen project zelf, zonder daarbij de vergunde situatie of andere mitigerende maatregelen te betrekken. Zoals volgt uit rechtsoverweging 5.4.6 en 5.4.7 in deze uitspraak, vormen de stallen geen standaardonderdelen van de projecten waarop de aanvragen zien. Vermindering van emissies uit de stallen kan dus niet betrokken worden in de voortoets.




Had een inspraakprocedure moeten worden gevolgd?




6. Eiseres stelt dat het college gehouden was om inspraak te verlenen bij de voorbereiding van de beslissing op de aanvragen. Deze verplichting volgt volgens haar uit artikel 6, derde lid, van de Hrl en uit artikel 6 van het Verdrag van Aarhus (VvA).





6.1.
Artikel 6, derde lid, van de Hrl verplicht de bevoegde nationale instanties om een inspraakmogelijkheid te bieden bij het verlenen van toestemming voor een activiteit die significante gevolgen kan hebben voor beschermde Natura 2000-gebieden. Deze bepaling is in Nederland geïmplementeerd in de artikelen 2.7 en 2.8 van de Wnb. Daarbij is inspraak verzekerd doordat uit jurisprudentie van de Afdeling volgt dat een besluit tot het verlenen van een vergunning op grond van artikel 2.7, tweede lid, van de Wnb, moet worden voorbereid met de procedure in afdeling 3.4 van de Awb. Ook als de Wnb-vergunning aanhaakt bij de omgevingsvergunning geldt deze voorbereidingsprocedure. De vraag of inspraak verplicht was op grond van artikel 6, derde lid, van de Hrl valt daarom samen met de vraag of voor het project een Wnb-vergunning is vereist. Die vraag kan in deze gevallen nu niet worden beantwoord. Daarvoor dient het college eerst nader onderzoek te doen naar de vraag of significante gevolgen voor Natura 2000-gebieden kunnen worden uitgesloten. Deze grond slaagt daarom niet.



6.2.
Voor zover eiseres zich op het standpunt stelt dat inspraak verplicht was op grond van het VvA, slaagt de grond ook niet. Daarbij overweegt de rechtbank het volgende.


6.2.1.
Artikel 6 van het VvA verplicht bestuursorganen tot het bieden van inspraak aan het betrokken publiek bij besluiten over het al dan niet toestaan van activiteiten genoemd in bijlage 1 van het verdrag en op andere activiteiten die een aanzienlijk effect op het milieu kunnen hebben. Naar het oordeel van de rechtbank doet geen van deze situaties zich hier voor.

6.2.1.1. Het gebruiken van de mestvergisters is niet een activiteit die is genoemd in bijlage 1 van het VvA. Door eiseres is gewezen op de verplichting van inspraak bij het toestaan van activiteiten in de energiesector (sub 1 van bijlage 1) en chemische industrie (sub 4 van bijlage 1). Gelet op de capaciteit en de schaal van de mestvergisters vallen de installaties niet onder de genoemde activiteiten in de bijlage.

6.2.1.2. Evenmin is gebleken dat de vergistingsinstallaties anderszins een aanzienlijk effect hebben op het milieu in de zin van het VvA. Hierbij betrekt de rechtbank de aard en schaal van de activiteiten die zijn genoemd in de categorieën “energiesector” en “chemische installaties” van bijlage I van het VvA. De daarin genoemde activiteiten wijken in aard en schaal in betekenende mate af van de vergistingsinstallaties die hier aan de orde zijn. Verder betrekt de rechtbank hierbij dat het bestreden besluit niet valt onder het bereik van de Richtlijn industriële emissies en evenmin een besluit betreft waarin rechtstreeks werkende Unierechtelijke voorschriften op milieugebied van toepassing zijn.





Conclusie en gevolgen


7. De beroepen zijn gegrond omdat de bestreden besluiten in strijd zijn met de artikelen 3:2 en 7:12, eerste lid, van de Awb. De rechtbank vernietigt daarom de bestreden besluiten. De rechtbank ziet geen reden om de rechtsgevolgen van de besluiten in stand te laten of zelf een beslissing over de verleende omgevingsvergunningen te nemen. Dit omdat nader onderzoek nodig is naar de gevolgen van de vergunde installaties voor Natura 2000-gebieden. Ook draagt de rechtbank niet aan het college op om het gebrek te herstellen met een betere motivering of een ander besluit (een zogenoemde bestuurlijke lus). Dit omdat dit volgens de rechtbank geen doelmatige en efficiënte manier is om de zaak af te doen.



7.1.
De rechtbank bepaalt met toepassing van artikel 8:72, vierde lid, van de Awb dat het college nieuwe besluiten moet nemen met inachtneming van deze uitspraak. De rechtbank geeft het college hiervoor acht weken.



7.2.
Omdat de beroepen gegrond zijn moet het college het griffierecht aan eiseres vergoeden en krijgt eiseres ook een vergoeding van haar proceskosten. Het college moet deze vergoeding betalen.



7.3.
De totale vergoeding voor proceskosten bedraagt € 1.868,-. De vergoeding voor proceskosten is met toepassing van het Besluit proceskosten bestuursrecht als volgt berekend.


7.3.1.
De vergoeding voor rechtsbijstand door een gemachtigde wordt vastgesteld door aan de verrichte proceshandelingen punten toe te kennen en die punten te vermenigvuldigen met de waarde per punt. In beroep heeft elke proceshandeling een waarde van € 934,-. Op het aldus berekende bedrag kan de bestuursrechter een wegingsfactor toepassen, afhankelijk van het gewicht van de zaak. Bovendien gelden samenhangende zaken voor het bepalen van de vergoeding voor rechtsbijstand als één zaak.



7.3.2.
De twee beroepen waarop deze uitspraak betrekking heeft ziet de rechtbank als samenhangende zaken. De gemachtigde van eiseres heeft in de beroepen een gelijkluidend beroepschrift ingediend (1 punt). De vergoeding daarvoor bedraagt € 934,-.

7.3.2.1. De zaken zijn ter zitting gezamenlijk behandeld met het beroep met zaaknummer LEE 24/1837. De rechtbank ziet deze drie beroepen vanaf dat moment ook als samenhangende zaken. Door de gemachtigde van eiseres is in één processtuk voor alle drie de zaken gereageerd op de STAB-verslagen (0,5 punt) en de gemachtigde heeft deelgenomen aan de zitting op 10 juni 2026 (1 punt). Voor de proceshandelingen in deze fase kent de rechtbank in totaal 1,5 punt toe. De vergoeding daarvoor bedraagt in totaal € 1.401,-. Daarvan rekent de rechtbank twee derden toe aan het college (€ 934,-) en een derde aan de verweerder in het ander beroep (€ 467,-).

7.3.2.2. Ten aanzien van de zwaarte van de zaak plaats de rechtbank de beroepen in de categorie gemiddeld. De rechtbank ziet geen reden om een zwaardere factor toe te passen.







Beslissing


De rechtbank:

- verklaart de beroepen gegrond;
- vernietigt de besluiten van 29 mei 2024;
- draagt het college op binnen acht weken na de dag van verzending van deze uitspraak nieuw besluiten te nemen op het bezwaar met inachtneming van deze uitspraak;
- bepaalt dat het college het griffierecht van € 742,- aan eiseres moet vergoeden;
- veroordeelt het college tot betaling van € 1.868,- aan proceskosten aan eiseres.





Deze uitspraak is gedaan door mr. G. Knuttel, rechter, in aanwezigheid van mr. M. van Dijk, griffier.
Uitgesproken in het openbaar op 6 augustus 2026.














griffier


rechter








Een afschrift van deze uitspraak is verzonden aan partijen op:





Informatie over hoger beroep
Een partij die het niet eens is met deze uitspraak, kan een hogerberoepschrift sturen naar de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State waarin wordt uitgelegd waarom deze partij het niet eens is met deze uitspraak. Het hogerberoepschrift moet worden ingediend binnen zes weken na de dag waarop deze uitspraak is verzonden. Kan de indiener de behandeling van het hoger beroep niet afwachten, omdat de zaak spoed heeft, dan kan de indiener de voorzieningenrechter van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State vragen om een voorlopige voorziening (een tijdelijke maatregel) te treffen.



Bijlage: voor deze uitspraak belangrijke wet- en regelgeving



Verdrag van Aarhus





Artikel 6
1. Elke Partij:
a. past de bepalingen van dit artikel toe ten aanzien van besluiten over het al dan niet toestaan van voorgestelde activiteiten vermeld in bijlage I;
b. past, in overeenstemming met haar nationale wetgeving, de bepalingen van dit artikel ook toe op besluiten over niet in bijlage I vermelde voorgestelde activiteiten die een aanzienlijk effect op het milieu kunnen hebben. Hiertoe bepalen de Partijen of een dergelijke voorgestelde activiteit onder deze bepalingen valt.
(…)
4. Elke Partij voorziet in vroegtijdige inspraak, wanneer alle opties open zijn en doeltreffende inspraak kan plaatsvinden.
(…)



Habitatrichtlijn





Artikel 6

(…)
3. Voor elk plan of project dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van het gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor zo'n gebied, wordt een passende beoordeling gemaakt van de gevolgen voor het gebied, rekening houdend met de instandhoudingsdoelstellingen van dat gebied. Gelet op de conclusies van de beoordeling van de gevolgen voor het gebied en onder voorbehoud van het bepaalde in lid 4, geven de bevoegde nationale instanties slechts toestemming voor dat plan of project nadat zij de zekerheid hebben verkregen dat het de natuurlijke kenmerken van het betrokken gebied niet zal aantasten en nadat zij in voorkomend geval inspraakmogelijkheden hebben geboden
(…)




Algemene wet bestuursrecht





Artikel 3:2
Bij de voorbereiding van een besluit vergaart het bestuursorgaan de nodige kennis omtrent de relevante feiten en de af te wegen belangen.



Artikel 7:12
1. De beslissing op het bezwaar dient te berusten op een deugdelijke motivering, die bij de bekendmaking van de beslissing wordt vermeld.



Wet algemene bepalingen omgevingsrecht





Artikel 2.1
1. Het is verboden zonder omgevingsvergunning een project uit te voeren, voor zover dat geheel of gedeeltelijk bestaat uit:
(…);
c. het gebruiken van gronden of bouwwerken in strijd met een bestemmingsplan (…);
(…);
i. het verrichten van een andere activiteit die behoort tot een bij algemene maatregel van bestuur aangewezen categorie activiteiten die van invloed kunnen zijn op de fysieke leefomgeving.



Artikel 2.7
1. Onverminderd het bepaalde in de artikelen 2.10, tweede lid, en 2.11, tweede lid, draagt de aanvrager van een omgevingsvergunning er zorg voor dat de aanvraag betrekking heeft op alle onlosmakelijke activiteiten binnen het betrokken project. (…)



Besluit omgevingsrecht





Artikel 2.2aa
1. Als categorie activiteiten als bedoeld in artikel 2.1, eerste lid, onder i, van de wet, worden tevens aangewezen:
a. het realiseren van een project als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid, van de Wet natuurbescherming, behoudens de gevallen, bedoeld in de artikelen 2.9, eerste en tweede lid, of 9.4, eerste, achtste of negende lid, van die wet, artikel 9, vijfde lid, van de Spoedwet wegverbreding of artikel 13, achtste lid, van de Tracéwet, voor zover dat project, onderscheidenlijk die handeling bestaat uit een activiteit waarop het verbod, bedoeld in artikel 2.1, eerste lid, onderdelen a tot en met h of in artikel 2.2 van de wet, of bedoeld in artikel 2.1, eerste lid, onderdeel i, van de wet in samenhang met artikel 2.2a van toepassing is en voor zover voor dat project geen vergunning als bedoeld in artikel 2.7, tweede lid, van de Wet natuurbescherming is aangevraagd of verleend;
(…).



Wet natuurbescherming





Artikel 2.7

(…)
2. Het is verboden zonder vergunning van gedeputeerde staten een project te realiseren dat niet direct verband houdt met of nodig is voor het beheer van een Natura 2000-gebied, maar afzonderlijk of in combinatie met andere plannen of projecten significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied.
(…)







Het bouwen van een bouwwerk zoals bedoeld in artikel 2.1, eerste lid, aanhef en onder a, van de Wabo.


Artikel 2.1, eerste lid, aanhef en onder c, van de Wabo.


Zoals bedoeld in artikel 2.1, eerste lid, aanhef en onder i, van de Wabo in combinatie met artikel 2.2a van het Bor.


Zie bijvoorbeeld de uitspraak van de Afdeling van 6 december 2023, ECLI:NL:RVS:2023:4471 (Airforce festival).


Zie bijvoorbeeld het arrest van het Hof van 11 april 2013, Sweetman, ECLI:EU:C:2013:220.


Zie de uitspraken van de Afdeling van 24 september 2025, ECLI:NL:RVS:2025:4556 (Voorlinden) en ECLI:NL:RVS:2025:4529 (Sabic) en de uitspraak van 24 december 2025, ECLI:NL:RVS:2025:6396 (Yara).


R.o. 20.2 in de uitspraak van de Afdeling van 29 mei 2019, ECLI:NL:RVS:2019:1604 (beweiden en bemesten).


Als bedoeld in artikel 4.872 van het Besluit activiteiten leefomgeving.


Uitspraak van de Afdeling van 29 mei 2019, ECLI:NL:RVS:2019:1604 (beweiden en bemesten).


Vergelijk de uitspraak van de Afdeling van 23 augustus 2017, ECLI:NL:RVS:2017:2260.


Uitspraak van de Afdeling van 18 november 2020, ECLI:NL:RVS:2020:2760.


Uitspraak van de Afdeling van 8 juni 2016, ECLI:NL:RVS:2016:1573, r.o. 11.3. Zie ook de uitspraak van de Afdeling 13 maart 2011, ECLI:NL:RVS:2011:BP9562, r.o. 2.3.4.


Zie bijvoorbeeld de uitspraak van de Afdeling van 28 maart 2007, ECLI:NL:RVS:2007:BA1698, r.o. 2.2.1.


Deze emissie heeft volgens de STAB een maximale omvang van 0,8 kg NOx per jaar. De correcte uittreedhoogte is 4 meter (i.p.v. 12 meter) en de warmte-inhoud bedraagt 0,116 MW (i.p.v. 0,175 MW)


Maximaal 1,03 kg SO2 per jaar.


Uitspraak van de Afdeling van 7 september 2022, ECLI:NL:RVS:2022:2557, r.o. 11-11.5.


Zie bijvoorbeeld de uitspraak van de Afdeling van 21 september 2022, ECLI:NL:RVS:2752, r.o. 18.2.


Uitspraak van de Afdeling van 18 december 2024, ECLI:NL:RVS:2024:4923.


Uitspraak van de Afdeling van 14 juli 2021, ECLI:NL:RVS:2021:1507.


Op grond van artikel 6.10a van het Bor en artikel 3.10, eerste lid onder e, van de Wabo.


Artikel 6, eerste lid, aanhef en onder a, van het VvA.


Artikel 6, eerste lid, aanhef en onder b, van het VvA.


Vergelijk de uitspraak van de Rechtbank Oost-Brabant van 10 oktober 2024, ECLI:NL:RBOBR:2024:4627.


Vergelijk de uitspraken van de rechtbank Noord-Nederland van 5 februari 2025, ECLI:NL:RBNNE:2025:386, r.o. 3 en van 9 mei 2025, ECLI:NL:RBNNE:2025:1908, r.o. 10.5.


2010/75/EU van het Europees Parlement en de Raad van 24 november 2010, PbEU L 334.


Op grond van artikel 3, eerste lid, van het Besluit proceskosten bestuursrecht.


Vergelijk de uitspraken van de Afdeling van 24 november 2010, ECLI:NL:RVS:2010:BO4857 en van 26 augustus 2015, ECLI:NL:RVS:2015:2681.